9月1日開學禮上，校監勞神父為小聖堂「耶穌會聖人及創校校長彩色玻璃窗」舉行揭幕禮。
因2019冠狀病毒病長期停課，自2019年12月後未能進行測考，因此校方於9月8至11日停止面授課堂期間，透過zoom為在家的學生進行「特別評估」，10月派發評估報告，讓家長、學生及老師能於新學年開始時客觀了解自2019年12月以來學生的學習成果及需要。其他網課模式包括發放網上教學短片和實時視像互動課堂。
校方第一次為校隊隊長及副隊長舉辦領袖培訓課程。
教育局於9月23日恢復小一、小五和小六上午面授課堂，9月29日恢復小二至小四面授課堂。無法面授大部分的課外活動，部分改為zoom課堂，部分取消。

本校同學組隊參加第六屆《基本法》全港校際問答比賽，榮獲小學組亞軍。
第一屆學生議會議員分別由高小學生選出及校方委任，各佔人數的一半，於10月27日宣誓就職。

第七十二屆學校朗誦節於11月以「錄影模式」舉行，學生須將其表演錄製成影片及上載影片到大會平台。(其後學校音樂節有同樣安排)
舉行五十周年金禧校慶標誌及吉祥物設計比賽。
小二至小四有三班同學因政府收緊上呼吸道感染停課的準則而需要班本停課。
「關社大使」籌辦編織圍巾「送暖行動」，學生於小息時到社工室學習編織圍巾，最後連同撰寫的心意卡一同送贈給社區長者。

因應疫情繼續惡化，教育局決定由12月2日起停止小學的面授課堂及校內活動。學校第一次以zoom形式舉行聖誕聯歡會，並同日公布第一屆「聖人扮演大賽」得獎者名單。

教育局宣布1月11日起全校六分一的學生可以回校上面授課堂(本校以六年級生為主)，其餘學生在家上網課。
一、二年級首次以zoom進行校本跨學科全方位學習活動(主題分別是「社區設施」和「交通工具」)。
1月30日學校第一次舉行zoom家長日。

家教會和校友會於2月6日聯合主辦冬泳籌款活動，由校長陳岡博士完成3.5公里的路程，為兩會共籌得超過二十四萬元，以支持學校的多元化學生活動。
教育局宣布2月19日起全校三分一的學生可以回校上面授課堂(本校以五、六年級生為主)。
社工與學生會聯合舉辦認識劏房講座和簡介迷你劏房模型比賽，除了得勝作品在校內展出之外，主辦活動的學生領袖還接受《公教報》訪問，並致函行政長官反映從活動體會到的劏房戶苦況，並就改善策略向政府提出建議。

本校學生參加「小行動・大溫暖」活動，製作電子和實體心意卡、拍片錄製鼓勵說話，送給受疫情影響的醫護人員、清潔人員及長者。
三及四年級的跨學科全方位學習活動(主題分別為「住在東區」及「從『太古』的發展窺探香港歷史」)首次以面授、錄影視頻及直播的混合模式進行，其中三年級活動首次以5G直播的形式進行。
首次在校園利用校本藝術創作進行拜苦路禮儀，並於耶穌受難日直播禮儀給在家的學生、家長和聖猶達堂及聖瑪加利大堂的教友。
學校部分學生參加校外足球活動的教練確診新冠病毒病，學生及家長在酒店檢疫隔離時，校方送上果籃打氣。

教育局宣布4月7日起全校三分二的學生可以回校上面授課堂。
創校以來第一屆(2019-21)學校慕道班同學於4月10日在聖猶達堂接受洗禮，成為天主教徒。

教育局宣布5月24日起全校學生可以回校上半天面授課堂。
學生議會接納校方建議優化學生會會長和學生議會選舉制度，廢除參選學生會會長參選人必須取得「提名委員會」最少一半委員提名的要求，將學生議會原有一半由校方委任校隊代表等出任的議席，改為每班學生選出的代表擔任，並將選民最低年級由四年級降至三年級。
梵蒂岡5月17日宣布教宗方濟各委任本校首屆畢業生(1972)周守仁神父為天主教香港教區下一任教區主教，全校翌日於周會中為周神父祈禱。

鑑於未能安排六年級生前往北京進行學習，學校在禮堂舉辦「北京利瑪神父墓園考察活動」，透過在禮堂豎立的模擬利瑪竇墓園墓碑和牌坊，讓學生透過預習大課以及現場考察活動，認識在中國傳教的耶穌會傳教士生平，了解其傳教精神以及為科技、文化所作的貢獻。
本校教師與中關村第四小學(北京姊妹學校)同工進行網上數學科觀課及評課專業交流活動。

第三屆學生會會長(2021-22)選舉按優化了的選舉制度舉行，由5M陳文澔同學當選。
生本科本跳級學習計畫第一次有六年級資優生完成中一躍進(英文科)課程。
學校首次為2014和2015年畢業生舉行「升中人生路」中學畢業分享會，邀請他們回母校分享，在六年中學生活裡如何活出小學畢業前所寫的「升中宣言」。

學校於禮堂舉行2021夏日抗疫音樂會，由第73屆香港學校音樂節的獲獎同學表演，吹管樂器表演生在透明擋板後面表演。
校友會英國分會正式成立，並在網上舉行第一次會員大會。

倫宗科與視藝科開始使用上午實體加下午Zoom混合模式上課。

學校首次為各校隊隊長和副隊長舉行共九小時的領袖訓練課程。

首次在校園舉行「諸聖節聖人裝束日」，學生反應踴躍。

12月4日，校長與泳隊學生及校友於淺水灣進行第二次冬泳籌款，建設擴增/虛擬實境設施，籌得超過$620,000。

管樂團、弦樂團和合唱團參加由華仁一家主辦的「華仁100+音樂節」，並於1月5日和6日在香港文化中心演出。
1月7日，本校校友、天主教香港教區周守仁主教為本校五十周年校慶主持彌撒及小型開放日開幕典禮。學校同時舉行網上開放日。一周後第五波新冠疫情爆發，暫停面授課。

為期兩個多月的從肇輝臺舊校舍步行至百福道新校舍的校慶步行籌款結束，師生、家長和校友共籌得超過$82,000。

學校按政府宣布，於3月17日至4月12日「提早放部分暑假」，其中3月24日至4月4日照原定計劃以Zoom進行特別評估。4月25日起學生陸續回校恢復面授課堂，並要每天返學前做快速抗原測試。

六樓新增擴增/虛擬實境設施開始啟用，六年級學生得以在香港未與內地通關之前，以擴增實境模式進行以往每年在北京舉辦的「北京歷史文化課程」。

雖然有防疫限制，但應屆畢業生仍能於7月11日和12日在校園參加第一屆畢業營。

校長與剛離任的音樂科主席汪瑛瑛老師和新繼任人黃文龍老師一起於學校最後一個上課天表演一曲 “Where have all the teachers gone?” 因本學年共有超過四分之一的教師離職。